世界首款苹果DNA测序软件问世:把DNA“三录仪”装进口袋

作者: admin 分类: 超级签新闻 发布时间: 2020-12-08 16:26

在冷泉港实验室成立125周年纪念日上,Aspyn Palatnick手里拿着世界上首个移动端遗传实验室。


美国冷泉港实验室(CSHL)的科学家开发了世界首款基于iPhone移动端的基因组序列分析应用程序——iGenomics。通过将iPhone和手持DNA测序仪配对,用户便可搭建一个移动端遗传学实验室,这让人想起《星际迷航》的三录仪(Tricorder)。

iGenomics应用程序完全在iOS设备上运行,减少了对笔记本电脑或其他大型设备的依赖,这对流行病及生态工作者非常有用。相关论文发表在《大数据科学》杂志中。

程序编写者Aspyn Palatnick现在是Facebook的软件工程师,他在加入Schatz实验室时已经在搭建iPhone应用程序方面有着丰富的经验了。

他和Schatz意识到:“尽管测序仪不断缩小,现有技术却依旧没有帮用户实现在移动设备上进行DNA研究。大多数的DNA比对分析工作都依赖于大型服务器或者高端笔记本。”研究流行病的科学家会拎着装满纳米孔、手提电脑和其他服务器的箱子前往偏远地区进行数据分析,而iGenomics无疑令基因组研究变得更加方便快捷,也更便宜了。


15岁的Palatnick正在学习基因组分析的基本知识。


用户可以通过苹果系统特有的隔空投送(AirDrop)功能相互分享序列数据,即使在无法访问互联网的偏远地区也能进行DNA分析。

Schatz介绍道:“在太空中进行DNA测序很有意思,很多人对此感兴趣。我正想方设法将iGenomics送往太空,毕竟,带着常规计算机到处跑、进行各种分析是不太现实的。”

Palatnick和Schatz的报告指出,iGenomics算法能够快速绘制病毒病原体(如流感病毒、寨卡病毒)的DNA序列,并识别出可用于诊断和治疗的重要突变。此外,他们还提供了用于分析其他病毒(如新冠肺炎病毒)基因组的在线教程。

Schatz期望,在未来,这一设备不仅能够帮助一线科学工作者,也能帮助公民科学家。他说:“今天,人人口袋里都装着专业的相机。所以不难想象,在未来的几年里,人们也能在智能手机上装个DNA测序仪。”

原创编译:攀汗 审稿:西莫 责编:陈之涵

期刊来源:《大数据科学》

期刊编号: 2047-217X

原文链接:https://phys.org/news/2020-12-world-dna-tricorder-pocket.html

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